芹菜属于欧盟1829/2003和1830/2003标签法规规定的14种过敏原;因此它必须贴上食品成分的标签。
芹菜是一种较为罕见的过敏化合物，可能作为隐藏的过敏原存在于各种食物中。通常，它被用作肉制品、香肠、调味品或速溶汤等食品中的香料混合物，也可以在加工方便食品中以低浓度存在。植物的所有部位都可以用来制作食物——叶子、茎和头。由于芹菜和欧芹植物非常相似，在田间或收获和加工过程中可能会出现不匹配，导致交叉污染。由于芹菜与其他植物的植物分类学关系密切，高特异性实时荧光定量PCR是目前检测和定量食品中芹菜微量元素的首选方法。
